目前认为鼻咽癌的发病主要与EB病毒感染、遗传因素和环境等因素有关。与此同时，人们不健康的生活方式也可诱发该病的发生，如大量的吸烟、大量的食用腌制的食品、空气污染等等。EB病毒感染是指鼻咽癌活检组织中发现EB病毒的DNA比较活跃，EB病毒主要通过感染人类的口腔上皮细胞和B细胞，阻止受感染细胞的凋亡，同时激活其生长引起鼻咽癌。
鼻咽癌可以在任何年龄发生，但是在40-50岁的成人比较常见，并且男性的发病率比女性高。在鼻咽癌的高发地区中，食物和水中的镍含量比较高，动物实验已经证实镍可以诱发鼻咽癌。在饮食因素方面，咸鱼、腊味等腌制食品是鼻咽癌的高危因素，这些食品在腌制过程中会产生致癌类物质，所以容易导致和诱发鼻咽癌。还有遗传因素，鼻咽癌患者有明显的种族和家族聚集性，如发病率高的家族迁居海外，他的后裔仍保持比较高的发病率。