肝介入栓塞手术后绝大部分的副作用并不严重，只有少部分可能会出现相关并发症，常见并发症是肝功能异常，局部的疼痛、发热，肿瘤可能出现坏死、感染的情况，是比较常见的副作用。一般经过积极有效的处理可以得到缓解，术后积极保肝、止痛对症处理，必要时要给予消炎。
但也有些严重的副作用，相对发生概率比较低，比如肝功能衰竭，以及严重的肝功能异常、黄疸、凝血功能障碍、肝性脑病、大量腹水，甚至包括异位栓塞等，这些情况有可能会危及患者生命，这些副作用相对比较严重，但发生的概率并不能算太高。具体要根据操作过程中肿瘤的大小，以及栓塞药物、栓塞剂量综合评估。所以一般来说，在进行栓塞介入治疗时尽量要注意保存肝功能的完好，没有明显的介入治疗禁忌症、凝血功能障碍，手术相对会更为安全。