马应龙痔疮栓是不能够治疗肛瘘的，马应龙痔疮栓一般用来治疗痔疮，主要在肛门内部用药，能够改善局部微循环障碍，改善局部疼痛、胀痛，甚至可以改善痔核，也就是可以减少痔核突出等。
肛瘘主要由于肛周脓肿后形成的，一般在肛门周围会有瘘管，在肛门外表会有外口，会反复出现破溃流脓等现象。
通过内科保守治疗一般都很难把肛瘘治好，建议要手术，包括行肛瘘切除手术或肛瘘挂线手术。如果不手术，时间长以后肛瘘情况会逐渐加重，有可能从单纯性肛瘘演变成复杂性肛瘘，治疗起来就相当的麻烦了。