溶石治疗是通过化学的方法溶解结石或者结石碎片，以达到完全清除结石的目的，是一个辅助治疗，主要用于尿酸结石和胱氨酸结石的治疗。溶石手段包括口服药物增加尿量，经肾造瘘管注入药物等。在尿酸结石当中主要的方式是口服枸橼酸氢钾钠，尿中的pH值达到6.5-7.2，大量饮水使24小时超过2500mL。
口服别嘌呤醇，减少尿酸排出，减少产生尿酸的食品摄入。经皮溶石可选用三羟甲基氨基甲烷，胱氨酸的治疗也需要碱化尿液，口服枸橼酸氢钾钠或者碳酸氢钠，大量饮水，可应用硫普罗宁或者卡托普利口服。感染性结石往往要酸化尿液，口服氯化铵或者甲硫氨酸。对于严重感染者可以使用脲酶抑制剂，同时针对病因可以短期或者长期的应用抗生素治疗。