抗结核药大多数都有胃肠道刺激症状，一般症状不严重时可以不需要特殊处置。如果出现肝功能异常时，需要应用保肝药物，因为抗结核药目前主要有异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等，都有对肝脏的副反应，所以应该定期检查肝功。有严重肝脏损伤时，应该停用抗结核药。
活动性肺结核的抗结核治疗，至少需要6-9个月的时间。因为疗程长，随着时间的延长，副作用发生的几率也会增加。抗结核治疗的原则应该是早期、规律、全程、适量、联合用药，其目标不仅是杀菌和防止耐药性的产生，还包括最终的灭菌，防止和杜绝复发。