益生菌是一种严格挑选出来的，足量摄入后对宿主有益的活性微生物。健康人体肠道内大约有100万亿个微生物，在长期的进化过程中，这些微生物跟人相互适应，组建了复杂而庞大的肠道微生态系统，这个系统的稳定对健康非常重要，各种各样的益生菌可以改善黏膜表面的微生物菌群，或者酶的平衡，或者刺激机体特异性或者非特异性免疫反应，提高机体的定值力或免疫力，都是通过调解微生态系统发挥作用的。
此外，益生菌代谢后，还可以降低肠道的pH值，促进的铁、钙、维生素的吸收，并参与体内多种维生素的合成和吸收。