真菌性食管炎主要是白色念珠菌、放线菌、毛霉菌等感染，导致食管出现炎症性病变。真菌存在于正常的人体内，当宿主与寄生物之间生态平衡紊乱时就会成为致病菌，容易发生真菌性食管炎，主要与长期应用大剂量抗生素、服用抑制胃酸分泌的药物等因素有关，也见于食管黏膜遭受创伤、受酸的刺激、放射治疗、抗癌药物、机体免疫力低下、长期的使用激素，以及患有艾滋病、糖尿病、肾功能不全等因素有关。
真菌性食管炎早期可能为急性感染，也可能为亚急性或者慢性感染，主要的症状是吞咽痛，尤其是在进食和吞咽唾液时加重。发展到狭窄时会出现吞咽困难，诊断有赖于胃镜下确诊，其胃镜下典型的表现为成片的黏膜上皮被覆乳白色或者绿色黏稠分泌物的假膜肿块，其下为红斑状、质脆的黏膜，可以做内镜下细胞刷取术来进行判断是否是真菌感染，出现真菌性食管炎，其治疗主要是给予抗真菌以及保护食管黏膜、加强身体抵抗力等综合治疗。