包皮炎通常是以外用药物为主，如果严重的时候可以配合口服药，细菌感染可以口服左氧氟沙星、头孢地尼、头孢克肟、阿奇霉素、磷霉素等等这些广谱抗生素，对于大多数细菌感染都会有治疗作用。霉菌性感染可以口服氟康唑或者伊曲康唑，也对常见的一些霉菌会有很好的杀灭作用。
不过建议还是首选外用药物，细菌性感染可以选用百多邦、达维邦，这些药物对于细菌性感染效果比较好，也比较直接。霉菌性感染可以使用咪康唑或者是克霉唑乳膏，在外涂药物的同时也可以间断地进行清洗，以达到及时清除污垢的作用，清洗一般使用聚维酮碘、皮肤康洗液、硼酸溶液、洗必泰溶液等等对皮肤黏膜刺激性比较小的物质，禁止用碘酒和酒精来清洗。