口腔炎分为病毒性口炎、真菌性口炎和细菌性口炎药，要针对具体的病因进行用药。病毒性口炎多是由于感染了疱疹病毒所引起，口内会起小水疱，可以服用抗病毒的药物，比如抗病毒口服液、板蓝根颗粒、阿昔洛韦片、更昔洛韦片或泛昔洛韦片等药物。
由细菌感染引起的口炎可以服用消炎药，比如头孢、红霉素、阿莫西林和甲硝唑片。真菌性口炎主要是机体被白色念珠菌感染所引起，在治疗上可以用弱碱性的溶液含漱，来抑制真菌的生长，比如用碳酸氢钠溶液漱口，或者用纱布蘸取碳酸氢钠溶液擦拭口腔内的患处，同时可以使用抗真菌的药物，比如酮康唑、咪康唑和制霉菌素片。