慢性肠胃炎可以使用奥美拉唑、乳酶生等药物治疗，慢性肠炎的发作与胃酸分泌过多有一定的关系，因此在使用药物治疗上需要抑制胃酸的分泌。奥美拉唑属于一种抗酸药，能够抑制胃黏膜的H离子泵，减少胃酸的分泌，因此有助于慢性胃炎的恢复。
次硝酸铋片进入胃内后可以在胃黏膜上形成一种保护层，主要是用于保护胃黏膜，减少胃酸对胃黏膜造成的损害，并且次硝酸铋片还具有抑菌的作用，经常使用于治疗幽门螺杆菌感染。乳酶生属于活菌素制剂，是一种常见的促消化药物，能够促进肠胃蠕动，帮助食物的排空。慢性胃炎使用药物治疗的期间，还应注意避免暴饮暴食，避免吃生冷、刺激的食物。