鼻咽癌确诊检查是靠组织病理学结果，通过电子鼻咽镜，获取鼻咽部新生物的组织细胞，进行病理检查得到结论，大多数医院一个星期左右就可以拿到病理检查的结果。如果有需要可能还会加做免疫组化，以及基因检测的相关内容，便于后续治疗方案的制定。
在确诊之前，可能还会做EB病毒的血清学检测，EB病毒检测进行鼻咽癌的筛查可能比较准确，但是它的假阳性率比较高，另外，还有就是影像学检查，比如头部、鼻咽部的CT或者磁共振检查等。