先天性心脏病其病因包括遗传因素，以及后天因素。对于遗传因素来说，先天性心脏病属于多基因遗传性疾病，并非单一基因所造成的疾病。患有先天性心脏病的父母，其患儿出现先天性心脏病的风险，远远大于无先天性心脏病父母的患儿。
另外，环境因素，如妊娠早期5-8周是胎儿心脏发育的关键时期，在此期间内的药物使用、病毒感染、放射线的照射，以及环境污染等多种因素，都可造成胎儿生长发育的异常。其中病毒感染包括风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等等，往往使先天性心脏病的发病风险增加。