重度牙周病的治疗可以分为以下几个阶段：
第一、基础治疗，这个阶段主要是用牙周常规的治疗方法，消除或者控制临床炎症及咬合性的致病因素，需要进行龈上洁治、龈下刮治、根面平整，以去除菌斑和牙石等致病因子。另外，可以配合局部或者是全身应用抗菌药物，控制感染性的炎症。可以调整咬合，避免出现咬合创伤，或者是由于咬合创伤加重牙周的炎症。如果有龋病的，需要进行龋病的治疗，有的还有牙髓疾病，需要进行牙周和牙髓联合治疗。
第二、进行牙周手术治疗及松动牙的固定，通过牙周的手术可以使根面平整，清除牙周袋内的感染物质，还可以重新悬吊牙龈，使牙龈重新附着在牙颈部，应用牙弓夹板固定松动牙。如果反复治疗仍没有很好的效果，可能需要拔除。