肝功能异常的治疗包括两个方面，第一方面是保肝治疗，第二方面是对因治疗。保肝治疗常用的药物包括阿托莫兰、美能、易善复等，主要是起到保肝降酶的作用。
更重要的是对因治疗，先要明确患者肝功能异常的原因。如果是由于病毒性肝炎导致的肝功能损伤，患者需要进行抗病毒治疗。如果是由于脂肪肝引起的肝功能异常，通常患者需要低脂饮食，配合运动以改善肝功能。如果是由于药物引起的肝功能损伤，必须要停用可疑的药物。另外，自身免疫性肝病也会引起肝功能异常，患者需要进行自身抗体和免疫球蛋白的检查。如果明确是由自身免疫性的肝病引起，患者需要进行免疫抑制治疗。