会厌囊肿的症状的主要和会厌囊肿的大小有关系，小的会厌囊肿可能没有任何症状，通常是由于咽炎等其他的症状进行检查，比如说做喉镜检查的时候发现的。
对于没有任何症状的会厌囊肿，一般不需要进行处理，长期随诊观察即可。
对于比较大的会厌囊肿，可能会引起咽部的异物感或者咽部的梗阻感，以及进食的梗阻障碍或者是饮水的呛咳，甚至会引起呼吸的困难，伴有感染的时候可能会有疼痛。
如果是大的会厌囊肿，就需要通过手术来切除，一般可以通过支撑喉镜下进行二氧化碳激光或者是电刀、电凝的这种切除，也可以使用等离子来进行切除。