感觉肛门里面隐隐作痛的原因有内痔、肛裂、直肠炎，具体如下：
1、内痔：长期便秘致使肛门里面的静脉血液不能正常回流，出现曲张的静脉包块。当饮食习惯不好引起痔疮加重，曲张静脉团出现肿大、充血，尤其在大便的时候会出现强烈的疼痛感；
2、肛裂：局部肌肤裂开产的刺痛感，也可能患处受到大便刺激或肛周脓肿引发疼痛，当脓肿越来越多，会波及周边而出现疼痛感；
3、直肠炎、肛窦炎或直肠癌：最好去医院肛肠科做进一步的检查，确诊之后进行相应的治疗。