巧克力囊肿也就是卵巢的子宫内膜异位囊肿，指的是子宫内膜异位到卵巢上面去了。子宫内膜随着月经的周期会发生周期性出血，因为不能像月经随着子宫内膜脱落，从宫颈流出阴道，而流出体外。
在卵巢上因为不能流出来就会反复出血，这个血就形成陈旧性血液。因为含有含铁的血红素，表现为像巧克力一样的颜色，所以顾名为巧克力囊肿。
它的发生跟月经血逆流、子宫内膜种植、体腔上皮化生等这些都有相关性。所以在月经期的时候女性尽量要保持心情舒畅，不要重体力劳动，以免经血倒流到宫腔里面，到输卵管、卵巢上去。
同时要注意在月经期的时候，尽量不要进行腹部的手术，以免子宫内膜种植到卵巢上或者腹膜上等等，引起子宫内膜异位症。