卵巢巧克力囊肿必须手术才可以排除体外，女性来月经是由于子宫内膜的脱落，带血下来是月经血，巧克力囊肿是子宫内膜移位到卵巢上。
当来月经期间移位的子宫内膜也会脱落、出血，但是这部分的出血并不会排出体外，是存在移位的部位，随着每次来月经，出血的积聚就会形成巧克力囊肿。
这种情况需要手术，可以选择腹腔镜手术，在身体表面打3-4个洞，应用特殊仪器将巧克力囊肿切除才能治愈。手术之后还需要应用药物，比如肌注亮丙瑞林降低复发率。