如果发生细菌性感染的结膜炎或者角膜炎，主要选用抗生素眼药水，常用的有左氧氟沙星、加替沙星或者是妥布霉素，选一种应用。
应用的频率根据病变的严重程度，可以每天3-4次或者每两个小时1次。
如果是病毒感染造成的结膜炎或者角膜炎，主要用抗病毒的眼药水，常用的抗病毒眼药水现在多数应用更昔洛韦眼用凝胶，可以根据病情的程度选用一天3-4次或者4-5次这种频率点药。
病毒感染造成角膜上皮的缺失，可以用维护角膜的药物，比如促进角膜上皮修复凝胶类的药物。
如果结膜炎或者角膜炎是因为过敏反应造成的，还需要用抗过敏的药物，比如奥洛他定或者激素类的眼药，来控制过敏反应。