病毒性角膜炎能否根治，要根据所感染的病毒而定，有的病毒具有潜伏感染和在神经节细胞内活化的能力，有的病毒没有这个能力。
比如单纯疱疹病毒具有潜伏感染的特征，一旦周围组织产生抗体，病毒就以潜伏感染的形式隐藏在三叉神经节细胞内，甚至是角膜组织本身的组织结构里边。
当诱因刺激时，病毒则开始附和，向眼睛周围组织和角膜侵犯，导致角膜炎反复的发作，所以要彻底消除它比较困难，单纯疱疹引起的角膜炎很容易反复发作，这是因为单疱病毒的特征而决定。
其它有一些病毒没有潜伏能力，得病毒性角膜炎后，可以一次性根治，但单纯疱疹病毒膜炎，就不能够一次彻底的根治。