前列腺囊肿病因较复杂，最常见于真性前列腺囊肿。由于前列腺腺体在胚胎发育期受到阻碍时引起前列腺导管狭窄，导致腺体内容物逐渐潴留形成囊性阻塞，形成前列腺囊肿。
先天性囊肿最常见于中肾旁管发育异常或中肾导管发育异常，导致部分管腔扩张形成囊肿，前列腺囊肿还见于后天性囊肿，由于前列腺基质坚韧导致腺泡不完全或间断梗阻，使腺泡上皮变厚，最终产生潴留性囊肿。
前列腺囊肿还见于炎症性囊肿，由于前列腺发炎时导致腺导管狭窄、分泌物潴留形成囊性肿物，前列腺囊肿还见于寄生虫引起的囊肿。