隐匿阴茎的主要治疗包括了观察等待和手术矫正，隐匿阴茎主要是因为肉膜层发育不良，弹性变差，将阴茎束缚在耻骨联合下方，肉膜层中有纤维素带，直接附着于阴茎体部和颈部，腹部的脂肪层下移，肉膜层下脂肪异常堆积等多种因素导致的。
对于肥胖儿的隐性阴茎，经过减肥可明显改善，12-14岁以后，儿童体内雄激素水平逐渐提高，阴茎发育较快，阴茎外观变化也较大，加之会阴部脂肪的重新分布，绝大多数小儿隐匿性阴茎会随着年龄的增加而自愈。对于青春期以后仍无明显好转的隐匿性阴茎，可以行手术矫正，手术中主要切除阴茎肉膜层中束缚阴茎的纤维素带组织以及肥厚的阴阜脂肪垫，使阴茎完全松解并充分伸直，并将阴茎皮肤和筋膜固定在阴茎上，以防退缩。