HPV疫苗第三针的注射通常在第一针注射后至少半年，或者第二次注射后四个月以上。是否接种第三针由医生决定，一般9-14岁可以只接种两次，但第二次注射必须在第一次注射后6-12个月。
HPV疫苗目前主要有三种，即二价疫苗、四价疫苗和九价疫苗。疫苗的注射多采用肌肉注射，首选注射部位是上臂三角肌。三种疫苗的注射都需要三次注射，在三次注射过程当中，如果接种程序受到打断，通常不需要重新开始第一次。第二次注射是第一次注射以后的1-2个月，第三次注射是在第一次注射后的至少半年，或者第二次注射后四个月以上。接种人群中青春期是首选人群，年纪越小，产生抗体越多，效果越好，世界卫生组织推荐的接种年龄是9-45岁。