窦性心律不齐是指心律的起源仍然是窦房结，属于窦性心律，但是节律不整齐，在同一导联上PP间期差异大于0.12s，窦性心律不齐常常和窦性心动过缓同时存在。
在临床上比较常见的一类窦性心律不齐跟呼吸周期有关系，称为生理性的呼吸性窦性心律不齐，多见于青少年，吸气时心率增快，呼气时心率减慢，呈周期性的变化，这种心律不齐没有临床意义。有些少见的窦性心律不齐和呼吸没有关系，如与心室收缩排血有关的窦性心律不齐，以及窦房结内游走性的心律不齐，这种情况常见于老年人、有心脏疾病以及脑血管病的病人，偶尔也可以见于正常人。