肥厚型心肌病的治疗一般情况下首选口服药物，但某些药物不宜用。一般选择β受体阻滞剂、非二氢吡啶类的钙通道阻滞剂、利尿药、ACEI、ARB类等药物改善症状，减少并发症，延长患者寿命。部分合并严重流出道梗阻（即流出道压力阶差大于50mmHg）的患者，用药为暂时的辅助治疗，一般效果不佳，也不宜长期用药，而且禁用强心药与血管扩张剂，这类患者应尽快性手术治疗，可选择行室间隔切除术、酒精室间隔消融术、右室心间起搏术等手术方式。