拍核磁共振对身体基本上没有影响，磁共振是一项绿色无损的影像学检查手段，它本身没有电离辐射损害，因此也不会对身体造成电离损伤。在检查期间，磁共振会对人体产生热效应，即检查部位的局部发热，但是比较轻微。在检查过后，可能会感觉到出汗，但是这种出汗对人体没有影响。
此外，磁共振检查时会发出一定的噪音，有可能会对听力造成短时性下降。另外，在做磁共振增强的时候，增强用到的对比剂可能会对极少部分人产生急性的不良反应，一般症状比较轻微，例如恶心、呕吐等。