多数情况下，混合痔手术常见的后遗症是切口感染、切口瘢痕、组织增生等，患者表现大便不成形、排便困难。不同术式，可能出现的后遗症各不相同，传统的痔切除手术容易出现的合并症有术后出血，多是由于术后缝线脱落、吻合口裂开，或排便时刺激肛门引起，还会出现肛门狭窄、肛门变形、尿潴留等。如术中损伤肛门括约肌，会出现肛门失禁。
微创混合痔手术患者后遗症较少，容易出现后遗症主要为出血、直肠狭窄。因此，患者术后要常规抗炎治疗，术后温水坐浴，创口按时换药，注意饮食结构及排便习惯的调整，尽量减少后遗症发生的概率。