手术是卵巢肿瘤的主要治疗手段，应根据术中探查、冰冻病理检查结果决定手术范围，早期的卵巢肿瘤应该行全面的分期手术，分级手术范围包括盆腹腔腹膜表面探查、横膈左右腹腔、盆腔冲洗液进行细胞学检查，横结肠下大网膜切除盆腔，还有腹主动脉旁淋巴结选择性切除，对可疑病灶或者肿瘤粘连处组织学检查，膀胱反折、左右结肠旁沟、直肠子宫陷窝、左右盆壁处的腹膜随机活检，全子宫和双附件切除包括卵巢动静脉的高位结扎，对于黏液性的肿瘤应该行阑尾切除。
一般认为上皮性卵巢肿瘤行保留生育功能的手术时应该谨慎选择，也就是保留子宫和对侧附件，必须具备以下条件时才可以选择事情：
第一、患者年轻渴望生育。
第二、属于早期的卵巢上皮性肿瘤ⅠA期。
第三、细胞分化比较好。
第四、对侧卵巢外观正常，泡探阴性。
第五、有随诊条件。
也有一些学者主张完成生育后视情况再行手术切除子宫、对侧的附件，所以对于卵巢的全面分期手术，需要进行全面、彻底的治疗，卵巢上皮性肿瘤，第一次手术彻底性和预后关系特别密切。