龟头炎的患者，保持阴茎头部局部的清洁很重要，一定要每日清洗阴茎头部和包皮，还要避免各种刺激。如果包皮内板和龟头有溃疡和糜烂，要及时的换药，每日1-2次。发生龟头炎的致病菌是细菌，就要求不论是局部用药还是全身用药，都要依据药敏试验的结果。症状较轻的可以选择局部治疗，使用一定浓度的高锰酸钾溶液清洗和湿敷。
有念珠菌感染的患者，可用碳酸氢钠溶液清洗，局部外涂咪唑类软膏。症状较重的患者可加用全身抗生素治疗，口服或者静脉使用，常用的有大环内酯类药物，如红霉素、罗红霉素、螺旋霉素。如果是真菌感染引起的龟头炎，选用的药物是氟康唑或伊曲康唑。