疟疾一般不能自愈，如果确诊为疟原虫的感染，需要针对疟原虫应用抗疟疾的药物来治疗，一般常用的药物有氯喹、盐酸甲氟喹，或者应用青蒿素、青蒿素的衍生物来治疗。如果是卵形疟或者间日疟引起的疟疾，不仅需要应用上述药物，针对红细胞内的疟原虫用药，还需要针对肝脏的迟发型的子孢子应用药物治疗，常用的药物是伯氨喹或者他非诺喹。
如果不针对肝脏的迟发型子孢子应用抗疟疾的药物治疗，患者即使急性期治疗之后，也有可能会引起疟疾的复发，所以，对于间日疟、卵形疟引起的疟疾，需要针对红细胞内的以及肝细胞内的原虫进行治疗。对于恶性疟和三日疟，一般不存在复发，不存在肝脏内的迟发型的子孢子，不需要针对肝内的迟发型子孢子应用抗疟疾的治疗。