婴儿先天性心脏病的病因目前尚未完全研究明确，普遍认为和遗传因素、基因突变、环境因素密切相关。如果孕妇在怀孕期间服用一些特殊的药物，如抗癫痫药物、抗抑郁症的药物、抗肿瘤的药物，可能会导致胎儿畸形，引起先天性心脏病的发作。还有孕妇怀孕期间接触放射线，也有可能引起胎儿畸形；如果孕妇在怀孕期间有吸烟、酗酒、吸毒等病史，也可以引起先天性心脏病的出现。如果孕妇怀孕期间引起宫内感染，比如怀孕期间有流感病毒感染、腮腺炎病毒感染、风疹病毒感染、EB病毒感染等等，都可以引起先天性心脏病的出现。