扁桃体由淋巴组织构成，内含许多结缔组织网和淋巴滤泡间组织。它是人体口咽的第一道免疫屏障，具有一定的免疫防护作用，对进入呼吸道、口咽部的一些异物、细菌、病毒具有吞噬的作用。另外，扁桃体当中还含有各种吞噬细胞，同时可以制造具有天然免疫力的细胞和抗体，比如T细胞、B细胞、吞噬细胞及免疫球蛋白等，它们对于从上呼吸道、血液、淋巴，或者其他组织侵入机体的有害物质具有积极的防疫作用。
出生时扁桃体尚无生发中心，随着年龄增长，免疫功能逐渐活跃，特别是3-5岁时因接触外界变应原的机会较多，扁桃体随着增大。青春期后免扁桃体的免疫功能趋于减退，本身也可以慢慢缩小。