患者出现咽拭子显示肺炎支原体阳性时，建议结合患者的临床症状采取进一步治疗。如果患者无任何的临床症状，无需特殊的处理。
如果患者出现明显咳嗽、咳痰、发热、头痛等相关的临床表现时，考虑近期出现支原体的感染，需要使用抗支原体的药物，例如大环内酯类的阿奇霉素、罗红霉素、红霉素，或者喹诺酮类的左氧氟沙星、莫西沙星、加替沙星等等。
同时也建议完善抽血支原体抗体的检查，包括IgG抗体和IgM抗体，IgM抗体阳性时说明近期出现支原体的感染，IgG抗体阳性说明既往有支原体的感染。