卵巢囊肿的症状及治疗要根据卵巢囊肿的性质来决定，临床较为常见的卵巢囊肿是卵巢的生理性囊肿，也就是在月经的后半期，由于卵巢分泌的激素水平的波动所形成的囊肿，这样的囊肿不需要进行治疗，只需要进行2-3个周期之后的复查，也就是在月经结束之后进行超声复查可以了，大多数卵巢生理性囊肿会自行消失，不需要进行治疗，也没有临床症状。
卵巢的子宫内膜异位囊肿也就是常说的卵巢巧克力囊肿，往往在早期就会有临床症状，由于卵巢巧克力囊肿是女性子宫内膜异位症的一种表现形式，而子宫内膜异位症是造成女性痛经以及不孕的常见病因，因此合并有卵巢巧克力囊肿的女性往往会有痛经的表现，也有些女性会表现为不孕。卵巢的炎性肿物则由于盆腔炎症、感染所造成，在囊肿的早期会有下腹部疼痛甚至发烧等感染征像，需要给予规范的抗炎治疗。