尖锐湿疣主要是通过医生的肉眼观察进行诊断，当出现下列情况时应该及时就诊评估，生殖器或者肛门周围出现异常增生、颗粒、疙瘩，排尿时有灼热感、疼痛、出血，女性的阴道有异常分泌物、气味难闻，男性的阴茎有异常分泌物。医生经常会通过仔细观察患者的生殖器和肛门区域来辨认尖锐湿疣，如果存在肉眼可见的尖锐湿疣，通常不需要更多的检测就能确诊，对于微小的尖锐湿疣，目前可以借助于皮肤镜检查来帮助诊断。
当尖锐湿疣的皮损不典型时，可以通过活检后的组织病理检查帮助诊断，醋酸白试验有助于可疑区域的观察，不推荐使用HPV的分子生物学检测来诊断尖锐湿疣，因为检测结果并不准确，也不能指导尖锐湿疣的治疗。