十二指肠球部溃疡的并发症主要见于以下几种：
第一、出血，因为十二指肠球部溃疡侵蚀周围的血管引起出血，出血是十二指肠球部溃疡最常见的并发症，也是上消化道大出血最常见的病因。
第二、十二指肠球部穿孔，主要是因为溃疡病灶向深部发展，穿透浆膜层，并发溃疡的穿孔。溃疡穿孔可分为急性穿孔和慢性穿孔，急性穿孔会导致急性腹膜炎，出现上腹部剧烈疼痛，同时腹部平片可见膈下游离气体。慢性穿孔也称为穿透性穿孔，疼痛常常放射到背部，只会引起局部的腹膜炎。
第三、幽门梗阻，主要是因为球部溃疡或者幽门管部的溃疡引起。溃疡急性发作时可因为炎症水肿和幽门部的痉挛而引起幽门梗阻，同时会伴有恶心、上腹疼痛加重、呕吐，大量呕吐后症状可以得到改善，呕吐物含有发酵和酸性的宿食。