化脓性扁桃体炎一般是细菌感染导致的，所以治疗要使用抗生素类的药物，一般可以使用青霉素类的抗生素，例如阿莫西林等，也可以使用头孢类的抗生素，如头孢呋辛、头孢克洛等等。
严重的扁桃体发炎可能会有发热、咽痛、吞咽困难等不适，如果血象较高，也可以考虑静脉用药，如果是疼痛、发热，可以口服或者是静脉使用非甾体类的消炎药，如布洛芬等。
如果是反复发生的化脓性的扁桃体炎，就需要通过手术的方式切除扁桃体，从而避免扁桃体炎反复的发作，以免扁桃体炎导致全身系统性的疾病。