由于扁平疣是可以自动消退的，所以在治疗扁平疣的时候尽量要选择比较温和的，不会造成瘢痕的治疗方法。临床上比较常见的是用比较轻微的冷冻治疗，也可以用外用的药物，比如维甲酸类的药物、他扎罗汀乳膏、5%的咪喹莫特乳膏，甚至5-FU乳膏也是曾经用在扁平疣治疗上的。
但是实际上中药里也有很好的抗病毒成分，比如大青叶、木贼、香附、马齿苋这样的，也有抗病毒的作用。如果用这些中药做成面膜来治疗扁平疣，效果也是不错的，近些年对于非常顽固的扁平疣，也有用光动力的手段来治疗扁平疣达到很好效果的报道。