两岁宝宝消化不良、拉肚子要进行以下的治疗：
一、口服补液盐，宝宝可以口服口服补液盐，能够补充水分，防止脱水以及电解质紊乱。估计拉多少补多少，口渴的时候或者是随时补口服补液盐；
二、蒙脱石散，宝宝拉肚子的时候可以吃蒙脱石散，两岁的宝宝每次2-3包，每天三次，在两餐之间口服，能够吸附毒素，缓解宝宝腹泻的症状；
三、益生菌，宝宝拉肚子可以吃益生菌，如双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等，补充益生菌能够缓解宝宝拉肚子的症状；
四、抗感染治疗，宝宝拉肚子要及时查大便，如果轮状病毒感染，给予以上对症治疗。如果提示有细菌感染，要口服抗感染药物，如头孢类抗菌素。宝宝在消化不良的时候要注意饮食清淡，尽量少食多餐，以稀粥、烂面为主，水果、蔬菜、肉类要尽量少吃，待宝宝消化不良的症状好转以后再逐渐恢复正常饮食。