核磁共振检查对软组织的分辨率比较高，所以它几乎适合于全身各软组织系统的疾病。在头部它可以帮助患者诊断是否有脑梗塞、脑出血、脑肿瘤、脑部的炎症性病变，以及脑部的血管性先天性的畸形，在腹部可以帮助诊断患者是否有占位性病变，以及某些炎症性病变、先天发育畸形，在妇科可以帮助诊断患者是否有子宫以及卵巢的占位性病变，在乳腺可以帮助诊断乳腺的占位性病变的性质，在软组织系统可以帮助诊断患者是否有颈椎、胸椎以及腰椎间盘的病变。