运动后头疼通常是因为如下三个原因导致的：1、剧烈运动后身体会释放和消耗过度糖原，此时如果补充葡萄糖不充分，会导致无氧糖酵解过多，处于低血糖状态，当血糖低于3.9mmol/L时，就会出现头疼、头晕情况。2、运动后头疼，还因为此时过量有氧运动和无氧运动代谢体内多余糖元后，分解释放产生乳酸，乳酸在体内蓄积，尤其在脑血管分布较丰富的头部蓄积时发生头疼情况。3、运动后头疼，还常因运动时身体缺氧或过度氧耗而导致大脑一过性供氧和供血不足而引发。