双歧杆菌三联和四联活菌均可用于治疗肠道菌群失调引起的腹泻，以及便秘、功能性消化不良，区别在于两种药物包含的菌种，也就是主要成分不同。
双歧四联活菌在三联的基础上增加了蜡样芽孢杆菌，这种菌可以在肠道中定植，消耗氧气，为双歧杆菌等厌氧菌营造厌氧环境，促进其生长和繁殖，因此四联活菌的效果比三联的好。
儿童用药的时候常常选择三联活菌，因为三联活菌有一种散剂的剂型，应用起来更加方便。