先天性心脏病几乎不是遗传性的疾病，但是有一部分的遗传因素在，大概占8%左右，而92%都是由环境因素所造成的，也就是说绝大多数都是由环境因素所造成的。
一般来讲，原因是妊娠的早期，大概是5-8周这个时间段是胎儿心脏发育的最重要的时段，在这种时段当中，妊娠的妇女接受了一些药物、化学品、环境的污染，或者辐射、病毒的感染，影响到了胎儿的发育过程，就造成胎儿心脏发育的异常。在胎儿出生的时候，就会出现先天性的心脏病的表现，比如妊娠三个月有感染风疹病毒，就会使孩子患先天性心脏病的风险大幅度的增加。