干扰素包括普通干扰素和长效干扰素两种，普通干扰素隔日应用1次，长效干扰素一周应用1次，疗程48周，或者根据治疗效果，延长疗程。普通干扰素治疗慢性乙型肝炎患者有一定的疗效，长效干扰素与普通干扰素相比，能获得更高的E抗原血清学转换率、乙肝病毒DNA及生化学应答率。
如果经过24周的干扰素治疗乙肝表面抗原定量仍大于2万U/mL，建议停止干扰素的治疗，可换用核苷或核苷酸类似物抗病毒治疗，在应用干扰素治疗的过程中，应注意监测干扰素的不良反应。