阴茎流脓通常是急性尿道炎的表现，分为急性淋球菌性尿道炎，又称为淋病，以及急性非淋球菌性尿道炎，俗称非淋。
淋病一般建议注射抗生素，比如头孢曲松、大观霉素、头孢噻肟等。如果注射不方便，口服药可以采用头孢地尼、头孢克肟、左氧氟沙星、莫西沙星、磷霉素等，对淋球菌也有很好的治疗作用。
非淋通常采用大环内酯类药物或者四环素类药物，比如阿奇霉素、罗红霉素、地红霉素、美满霉素等，喹诺酮类药物以及头孢菌素类药物对非淋也有一定的治疗作用。阴茎流脓这种急性尿道炎一般是通过性接触传播，因此具有传染性，配偶或性伴侣应该同期进行检查和治疗。