胆汁反流可以使用多潘立酮、雷贝拉唑、硫糖铝进行治疗，胆汁反流与消化不良有一定关系。因此在治疗上需要使用促进胃动力恢复帮助食物消化的药物治疗，比如多潘立酮可以促进胃和十二指肠的运动，同时抑制食物反流，减少胆汁反流对胃黏膜造成的损害。
部分人出现胆汁反流是由于胃酸分泌过多，对胃壁造成刺激而引起，需要使用抑制胃酸的药物，比如雷贝拉唑，其属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，减轻胃酸对幽门括约肌造成的损坏。胆汁反流时反流的内容物中含有大量胆汁盐、胰液等，胆汁盐会对胃黏膜造成损害，引起胃炎、胃溃疡等疾病的出现，因此这些人需要使用硫糖铝以保护胃黏膜，同时促进胃黏膜的修复。