目前认为小儿口吃病因并不是十分清楚，可能与遗传因素、发育因素、神经心理因素以及精神因素有关系：
1、遗传因素，目前尚没有发现跟口吃相关的特定基因，但是许多口吃患者的家庭成员当中，也存在有口吃的症状。
2、发育因素，孩子在2-3岁的时候，词汇量迅速增大，但语言功能尚不成熟，不善于选择词汇，说话时经常迟疑不决、重复、声音不流利。这是孩子2-3岁特定发育时期的特定阶段，一般4岁之前可以逐渐消失。
3、神经心理方面的因素，有一些孩子口吃，大脑中某些区域的活动，或者组织结构与说话正常的人不同，可以干扰大脑，控制声音肌肉之间的信息传导。此外，还有一部分孩子口吃，是由于受到惊吓或者精神刺激导致孩子出现口吃。