婴儿痉挛症大多数属于难治性癫痫，一般需要给予综合性的治疗。婴儿痉挛症的治疗包括药物治疗、手术治疗、生酮饮食治疗等，具体如下：
一、药物治疗最为常见。婴儿痉挛症治疗的药物，包括激素类的药物氨己烯酸，还包括维生素B6、托必酯以及苯二氮卓类药物。目前国内推荐的治疗婴儿痉挛症的首选药物是激素，包括促肾上腺皮质激素和糖皮质激素。氨己烯酸适用于结节性硬化导致的婴儿痉挛症的患儿，以及ACTH治疗无效的婴儿痉挛症的患儿，维生素B6适用于吡哆醇依赖症、吡哆醇反应性癫痫的患儿。其他的药物，比如苯二氮卓类药物，如地西泮，也是治疗婴儿痉挛症的常用药物。
二、可以考虑有手术治疗，手术治疗包括切除性和姑息性手术两种术式。
三、生酮饮食治疗也可以治疗婴儿痉挛症。