治疗肺曲霉菌疗效最好的药物，一般口服药，在医生的指导下可以首选伏立康唑，而静脉用药主要选择卡泊芬净。
因为肺曲霉菌病主要是因为肺曲霉菌束吸入导致急慢性的肺部疾病，一般可以分为侵袭性肺曲霉菌病及寄生性曲霉菌病，以及变态反应性支气管肺曲霉菌病。
在临床中侵袭性肺曲霉菌病表现比较重，会出现出血、坏死等症状。另外，还可以在人体中形成曲霉球，如果是对于曲霉球的治疗，临床一般都会建议采取手术治疗。