肛周脓肿如果在核磁的检查下，是可以看到相应影像改变的，但是肛周脓肿很少依靠核磁进行诊断。
肛周脓肿更为主要的确定方法大多是简单的物理检查，也就是医生的望诊、触诊等，通过这些检查可以看到肛门附近是否有明显的红、肿、热、痛等炎症反应，尤其在出现肛周脓肿的时候患者会有较为明显的疼痛感，甚至不敢在椅子上坐着、待着，因为局部的压痛很明显的让患者感到坐立不安，在触诊的时候在脓肿的部位可以摸到明显的波动感。对于这种情况只有将脓肿及时切开引流，使脓性分泌物尽可能的尽快排通，这对于感染的控制是非常重要的。